Vịnh Đầm Tre nằm ở phía Bắc đảo Côn Sơn và cách sân bay Côn Đảo 3 km. Đây là vịnh kín gió, ăn sâu vào trong đất liền, sự kết hợp hài hòa giữa biển và núi bao bọc xung quanh, tạo cho vịnh có nhiều cảnh quan thơ mộng, huyền bí, phong cảnh hữu tình và môi trường trong lành.
Trong vịnh phân bố đầy đủ các hệ sinh thái của một vùng biển nhiệt đới hải đảo như hệ sinh rừng ngập mặn, cỏ biển và hệ sinh thái các rạn san hô và không gian biển trong vịnh được quy hoạch là phân khu bảo vệ nghiêm ngặt.